На фресках над галереей, стоящей за переходом в нве Верхней Церкви, изображен неизменный стиль Якопо Торрити, который был выбран папой Николаем IV для мозаичного украшения апсидальных притоков Сан Джованни Латерано (1291) и Санта-Мария Магиоре (1296) в Риме. Фрески в Ассизи являются раньше, чем римские мозаики, как видно из их более старомодного подхода к представлению пространства. Декоративная программа в наве состоит из фрескового цикла «Легенда Святого Франциска», нарисованного Джотто под галереей на нижней части стены, и эпизодов из Ветхого Завета над галереей на северной стене, и эпизодов из Нового Завета на южной стене. Некоторые из этих сцен, а также хранилище с Deesis были написаны Торрити и его помощниками. На картинке изображено украшение на северной стене (справа от входа).